Procesando...La desapasionada, transformante asesina Oscuridad Dorada vuelve a mirar más profundamente en los misterios que rodean a su nueva vida, mientras que una siniestra Nemesis manipula a su hermana más joven Mea desde las sombras. Junto con su recién descubierta madre, Tearju, esta familia previamente distanciada rápidamente se convierte en el centro de atención de todos. Por otra parte, el Plan Harem de la princesa Momo se encuentra en un terreno inestable en medio de la imposibilidad de Rito de confesar a Haruna su amor platónico de toda la vida, que ha crecido sus propios sentimientos. Pero las cosas no son tan pacíficas como parecen; una fuerza del mal se cierne en medio de la conmoción inocua, amenazando con eclipsar el amor, la felicidad, y la amistad de Rito y su Harem. Solo la luz del amor puede aspirar a desterrar las sombras.
Un año después de que Lala vino a la Tierra, ella es aún más decidida a hacer caer a Rito por ella, poniendo todo su esfuerzo en ello, a pesar de que ella sabe que Rito realmente ama Haruna. El pobre de Rito tendrá que enfrentarse a tiempos difíciles y a las jóvenes hermanas gemelas de Lala, Nana y Momo, que ahora viven en la misma casa, junto con la hermana fiable de su Rito, Mikan, y Celine. Diversión y problemas aguardan con sus otros amigos de la escuela y los muchos otros personajes, con invenciones generalmente catastróficas de Lala, el contrato de Yami para matar a Rito y muchas cuestiones pendientes de la primera temporada.
El argumento está basado en los episodios del 1 al 6 de la serie original. Aunque algunas situaciones se muestran de diferente forma, tales como ángulos de cámara, historias alternativas, etc. Shinji Ikari llega a Tokio-3, buscado por su padre Gendo. A su llegada, se encuentra con ejercito de la ONU tratando de detener al cuarto Angel (el tercero en la versión original), Sachiel. Rescatado por Misato Katsuragi, Shinji llega a los cuarteles generales de NERV donde se reencontrará con su padre Gendo (Supremo Comandante de NERV), con la amenaza de que si no pilotaba el EVA-01 para luchar contra Sachiel, la misteriosa Rei Ayanami, que se encontraba en malas condiciones, sería enviada a pelear; por lo que acepta. Después de la primera batalla, en la que salió victorioso, Misato lo lleva a su casa para que viva con ella, vaya a la escuela y trate de tener una vida normal. Tras todo esto comienzan a aparecer nuevos ángeles.
Ryouta Sakamoto es un joven desempleado de 22 años de edad que vive con su madre y su padrastro. En el mundo real, puede no haber nada realmente especial acerca de él, pero en línea, es uno de los mejores jugadores del mundo del juego de combate llamado Btooom!. Un día, se despierta en lo que parece ser una isla tropical, aunque él no recuerda nada de cómo o por qué ha llegado a estar allí. Mientras inspecciona el lugar, Ryōta ve a alguien y pide ayuda. El extraño responde lanzándole bombas e intentando asesinarlo, en ese momento se da cuenta que su vida está en peligro y que de alguna manera ha quedado atrapado en una versión real de su juego favorito, donde deberá escoger entre matar a sus oponentes o buscar una forma de salir de allí y salvar a quienes pueda.
En el año 2021, la humanidad fue diezmada por la epidemia de Gastrea, un virus parásito, y se ve obligada a vivir dentro de las paredes, que se crean a partir de Varanium: un metal que es capaz de someter Gastrea. Pronto, los "hijos malditos", los niños que nacen con el virus Gastrea que son capaces de controlarlo, lo que les da habilidades sobrehumanas se descubren. Debido a que el virus 'Gastrea ' sólo podía verse en mujeres. Los Civiles se forman para especializarse luchando contra Gastrea, operando a la par de un iniciador y un "hijo maldito", y un promotor, que sirve para llevarlos. Diez años después de la epidemia, Rentaro Satomi, un estudiante de secundaria que también es un promotor junto con su amiga de la infancia Kisara Tendo y su iniciador Enju Aihara, recibe una misión secreta para evitar la destrucción del área de Tokio.
Ichiro Inuyashiki es un hombre de 58 años, con una vida bastante rutinaria, empleado de oficina y una familia que prácticamente le desprecia. Un día, tras un chequeo médico, descubre que tiene cáncer terminal y que le queda poco tiempo de vida. Por si fuera poco, de camino a casa… ¡Una nave extraterrestre aterriza encima de él! Al despertar, Inuyashiki ya no es el mismo: ha sido reconstruido como una máquina de matar. Pero un nuevo cuerpo conlleva una gran responsabilidad: ¿se convertirá Inuyashiki en un héroe o quizás en la peor pesadilla de la humanidad?
Directamente después de los acontecimientos de Made in Abyss Movie 3: Fukaki Tamashii no Reimei, la quinta entrega de Made in Abyss cubre la aventura de Reg, Riko y Nanachi en la Sexta Capa, La Capital de los No Retornados.
